La legge n. 218 del 30 luglio 1990 (legge “Amato”), rivoluzionando profondamente la struttura delle cosiddette banche pubbliche fra le quali le Casse di Risparmio, prescriveva la separazione dell’attività di pubblica utilità da quella bancaria.

La separazione viene realizzata attraverso il conferimento delle attività creditizie in una società di capitali (SpA) della quale la vecchia istituzione, trasformata in Ente Conferitario di Azienda Bancaria (ECAB), mantiene la proprietà.
In base alle disposizioni di legge la “vecchia” Cassa si trasforma dunque nell’Ente Cassa di Risparmio di Pisa, conferendo l’azienda bancaria in una società per azioni di nuova costituzione della quale detiene il controllo.
Nello statuto dell’Ente sono fissati gli scopi:
“contribuire alla conservazione ed alla valorizzazione del patrimonio culturale nel territorio ove ha operato la Cassa originaria” e “nella continuità degli scopi di pubblica beneficenza della Cassa di Risparmio originaria, riservare una quota all’assistenza delle categorie più bisognose”, fissata in un quinto del totale dei proventi.
In accordo con le innovazioni introdotte dalla legge vengono gradualmente inseriti nell’Assemblea dei soci 36 nuovi componenti, nominati da amministrazioni locali, istituzioni culturali e associazioni di categoria economiche fra le più rappresentative del territorio.

In ossequio ai dettati di legge, nel 1994, l’assemblea dei soci dell’Ente elegge un proprio consiglio d’amministrazione ed un collegio dei revisori indipendenti dagli analoghi organi della banca Cassa di Risparmio di Pisa SpA, avanzando così nel processo di separazione tra attività pubblica e attività bancaria.
In ottemperanza a quanto prescritto dal D. Lgs. n. 153 del 17/05/1999, l’Ente, insieme agli altri Enti/Fondazioni azionisti, ha, infine, dato corso alla procedura di dismissione delle partecipazioni di controllo delle aziende bancarie, nel frattempo riunite nella Holding Casse del Tirreno, a favore del Gruppo Banca Popolare di Lodi.

Nel corso della sua attività dal 1992 al 1999, l’Ente ha deliberato, per interventi in favore di progetti propri e in collaborazione con terzi, contributi per un totale di 10,4 miliardi di vecchie Lire nel settore dei beni culturali, per una media annua di circa 2,5 miliardi di Lire e di 2,8 miliardi di Lire in quello dell’assistenza alle categorie bisognose, per una media annua di 0,4 miliardi di Lire circa.