Durante il 2012 la Fondazione Palazzo Blu ha promosso due importanti manifestazioni espositive: la prima, intitolata “Storie dall’altro mondo. L’universo dentro e fuori di noi”, in collaborazione con l’Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), il Dipartimento di Fisica dell’Università di Pisa e la Specola Vaticana, è rimasta aperta dal 10 marzo al 1° luglio ed è stata visitata da oltre 21mila persone. La seconda, intitolata “Wassily Kandinsky. Dalla Russia all’Europa”, ha aperto un nuovo ciclo di mostre sull’arte contemporanea.la mostra, inaugurata il 13 ottobre 2012 e rimasta aperta fino al 17 febbraio 2013, ha fatto registrare circa 83.000 visitatori.Oltre a questi eventi, nel palazzo sono state organizzate altre manifestazioni espositive di minor durata temporale, più legate al territorio pisano, finalizzate principalmente a far conoscere alla cittadinanza e non solo, i nuovi acquisti della Fondazione o a presentare attività importanti del territorio.