La Deputazione è l'organo che stabilisce gli indirizzi di attività dell'Ente e nomina i 24 componenti, dei quali:

12 designati dall'Assemblea dei Soci;
6 designati da eni locali, quali portatori degli interessi generali, anche economici, del territorio nel quale opera la Fondazione in relazione alla sua attività e più esattamente: 1 dalla Provincia di Pisa, 1 dalla Camera di Commercio di Pisa, 2 dal Comune di Pisa, 1 dai Comuni di Bientina, Buti, Calci, Calcinaia, Castelfranco di Sotto, San Giuliano Terme, Santa Maria a Monte, Santa Croce sull'Arno, Vecchiano e Vicopisano; 1 dai Comuni di Capannoli, Casciana Terme, Cascina, Crespina, Lari, Peccioli, Ponsacco, Pontedera e Terricciola;
3 designati di comune accordo dalle maggiori istituzioni culturali del territorio: Università di Pisa, Scuola Normale Superiore, Scuola Superiore Sant'Anna di Studi e Perfezionamento, Opera della Primaziale Pisana;
1 designato di comune accordo dalle associazioni provinciali più rappresentative delle categorie economiche del Commercio, Agricoltura e Artigianato;
1 designato in relazione agli scopi di cui al punto precedente e al settore della ricerca scientifica e tecnologica di comune accordo con le associazioni più rappresentative della categoria dell'industria identificate nella Unione Industriale Pisana e Associazione Piccole e Medie Industrie;
1 designato per le problematiche riguardanti il volontariato, la filantropia e la beneficenza di comune accordo fra loro dalla Provincia di Pisa e dai Comuni del territorio con popolazione superiore ai 20.000 abitanti.

I deputati in carica sono: